PyMOL - Download

As coisas boas

Cara, o modo cartoon é selvagem. Você carrega um arquivo PDB – digamos, uma proteína de pico de coronavírus – e de repente essas cadeias confusas se transformam em hélices e folhas lisas. É como observar uma proteína se dobrando em tempo real. E o truque da transparência? Você pode tornar a superfície de uma proteína semitransparente para que possa realmente ver uma molécula de medicamento enfiada dentro de uma bolsa de ligação. Isso é ouro para apresentações ou trabalhos. Usei-o para mostrar a uma professora como uma mutação interrompe uma interação importante – ela disse que foi a visualização mais clara que viu durante todo o semestre. Além disso, a capacidade de criar scripts em Python é uma joia escondida. Escrevi um script rápido para colorir automaticamente os resíduos por carga e, pronto, pronto. Sem clicar nos menus por 20 minutos.

O não tão bom

Sim, é grátis, o que é incrível, mas a interface não envelheceu bem. Parece algo de 2008 – muitos menus, comandos enigmáticos e nenhuma dica de ferramenta. Se você ainda não está familiarizado com modelagem molecular, a primeira hora é pura frustração. A documentação também é escassa. E embora lide com vários tipos de arquivos, abrir alguns mapas volumétricos pode travá-lo se o seu sistema não for robusto. Além disso, nenhum tutorial integrado. Você é basicamente jogado no fundo do poço. Portanto, se você está apenas procurando um visualizador rápido de modelos 3D, isso pode não ser para você. É para pessoas que precisam de precisão, não de conveniência.

Resultado final

Se você estuda bioquímica, biologia estrutural ou apenas está tentando entender a estrutura das proteínas para uma aula, PyMOL - Download para Mac vale cada segundo de configuração. Não é bonito, não é fácil, mas é preciso. E é grátis. Então, a menos que você esteja fazendo lição de casa básica, pule os aplicativos clickbait e vá direto para isso. É o verdadeiro negócio.